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采用新一代测序技术分析头颈部鳞状细胞癌的分子异质性
依据与高危亚型人类乳头状瘤病毒(HPV16、18)的相关性,头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)被分为两种不同的临床亚型组.近年来,在某种程度上由于与HPV感染有关的HNSCC在逐渐增加,且其在预后和分子组织学方面的差异引起学者们的注意,然而,如何分类这些肿瘤,其潜在的作用机制和详尽的基因组织学仍然未被阐明.为了阐明伴和不伴HPV感染的HNSCC致癌途径,我们采用定向的新一代测魏建国(摘译),许春伟(审校),Baisre A - 临床与实验病理学杂志文章来源： 万方数据 -
128例Ⅱ型糖尿病患者线粒体ND1基因突变位点的研究
目的 通过对128例Ⅱ型糖尿病(Type 2 diabetes mellitus,T2DM)患者线粒体DNA ND1基因进行突变位点筛查,探索ND1基因点突变与山西人群T2DM的相关性.方法 PCR扩增患者ND1基因所在区段,PCR产物直接测序分析.结果 128例患者共有38例患者检测到基因点突变,突变检出率为29.7%.38例患者共筛出22个突变位点,2种突变类型.其中31例存在单个位点突变,5例存在2个位点突变,2例存在3个位点突变.22个突变位点中,3552 (T→ A)突变频率最高,为40.9% (9/22);3394(T→C)、3435(C→T)、3497(C→T)、3316(G→A)、3571(C→T)、3537 (A→G)的突变频率分别为22.7% (5/22)、22.7% (5/22)、18.2% (4/22)、13.6% (3/22)、13.6% (3/22)和10.1% (2/22);其余突变位点 的突变率均为4.5% (1/22).在所有突变位点中,除3688(G→C)为异质性突变外,其余突变均为同质性.此外,22个突变位点中存在一个新的突变位点3499(A→T),属首次报道.结论 3552(T→A)和3394(T→C)突变频率最高,可能与山西地区T2DM发病相关;新发现的突变位点3499A→T (Thr→Ser),其致病性需要进一步研究.任彩芬,李鹏丽,周永安,似学红,申静,朱俊,孙丽夏 - 中国优生与遗传杂志文章来源： 万方数据 -
点击科学
封面上展示的是1只即将分娩的雌性采采蝇,它与普通家蝇的大小近似.采采蝇是非洲锥虫病(也就是昏睡病)的唯一携带者.本期相关文章中对采采蝇基因组测序及图谱的注释进行了详尽描述.- 中国科技教育文章来源： 万方数据 -
xTAG液相芯片技术用于肺癌EGFR基因突变检测的临床适用性
目的分析肺癌EGFR基因第18~21号外显子突变,以Sanger测序法为参照,探讨x TAG液相芯片用于临床样本检测的适用性.方法随机选择1 139例Ⅰ~Ⅳ期肺癌组织标本,提取DNA,分别采用x TAG液相芯片法和Sanger测序法检测EGFR基因第18~21号外显子突变情况,评价x TAG液相芯片法检测的敏感性和特异性.结果液相芯片法:共1 134例患者获得基因突变检测结果,Sanger测序法:共1 105例患者获得基因突变检测结果,检测成功率分别为99.56%和97.01%.以Sanger测序法为参照,x TAG液相芯片法检测的敏感性和特异性分别为99.59%和94.54%,两种方法均检出少数样本存在双外显子突变.两种方法检测出的突变型别完全吻合.结论采用x TAG液相芯片法可有效检测肺癌EGFR基因突变,实现突变分型,且相对测序法更方便、高效,适合临床推广应用.郭元杰,汪威,付莎,刘芳,郭婧,邵建永 - 临床与实验病理学杂志文章来源： 万方数据 -
16S rDNA测序在呼吸机相关性肺炎痰液细菌多样性分析中的应用
目的 用16S rDNA测序研究呼吸机相关性肺炎(VAP)患者痰液中致病菌的种类和丰度,探讨VAP病原学诊断的新方法.方法 对31例VAP患者进行支气管肺泡灌洗,提取痰液标本细菌DNA,进行聚合酶链反应(PCR)鉴定,同时进行痰液细菌培养.利用16S rDNA测序技术进行宏基因测序及生物信息学分析,并将测序结果与细菌培养结果比较.结果 ①31例VAP患者中27例患者的痰液标本550 bp处扩增出特异的DNA产物用于测序分析.16S rDNA测序共得到103 856条序列,39 Mb的原始数据.Tag物种注释27份样本均可注释到属的水平.②样本复杂度分析:Alpha多样性分析显示27份样本Shannon指数约为1.20,Simpson指数约为0.48,表明VAP痰液样本中细菌物种丰富且较为复杂.稀释曲线趋势分析提示部分VAP痰液样本还存在较多未被测序检测到的物种.③样本多样品分析:VAP痰液样本16S rDNA测序分析共出现放线菌门、拟杆菌门、硬壁菌门和变形菌门4个细菌门.以属为分类标准,优势菌属为链球菌属88.9%(24/27),变性菌属77.8%(21/27),不动杆菌属70.4%(19/27),鞘氨醇单胞菌属63.0%(17/27),普氏菌属63.0%(17/27),克雷伯菌属55.6%(15/27),假单胞菌属55.6%(15/27),水杆菌属55.6%(15/27),棒状杆菌属55.6%(15/27).④16S rDNA测序法与细菌培养结果比较:测序法检测可发现普通细菌培养未检测到的普氏菌属、变性菌属、水杆菌属、鞘氨醇单胞菌属;两种方法共同检测到的7种菌属中,测序法检测到的链球菌属[88.9%(24/27)]、克雷伯菌属[55.6%(15/27)]、不动杆菌属[70.4%(19/27)]、棒状杆菌属[55.6%(15/27)]的阳性率均高于普通细菌培养[分别为18.5%(5/27)、18.5%(5/27)、37.0%(10/27)、7.4%(2/27),P<0.05或P<0.01],假单胞菌属阳性率较普通细菌培养法有增高趋势[55.6%(15/27)比25.9%(7/27),P=0.050];而测序法与细菌培养检测到葡萄球菌属[7.4%(2/27)比11.1%(3/27)]、奈瑟菌属[18.5%(5/27)比3.7%(1/27)]的阳性率则均无差异(均P>0.05).结论 16S rDNA测序分析证实VAP患者的痰液致病菌菌种复杂多样,物种丰富,多种多重耐药菌株定植.与普通细菌培养比较,16S rDNA宏基因组测序发现病原体阳性率更高.16S rDNA基因测序技术可能成为VAP病原学诊断的新方法.杨晓军,王晓红,梁志娟,张小亚,王妍柏,王振海 - 中华危重病急救医学文章来源： 万方数据 -
人单个卵母细胞的基因组分析
人卵母细胞的单细胞基因组分析对减数分裂研究和胚胎植入前基因组筛查是很重要的.然而,单细胞全基因组扩增的非均一性阻碍了它的应用.侯宇等运用基于多重退火和成环循环扩增(multiple annealing and looping-based amplification cycle,MALBAC)的测序技术进行人单个卵母细胞的基因组分析,通过对第一极体、第二极体以及来自同一女性卵供者的卵母细胞原- 中国病理生理杂志文章来源： 万方数据 -
PCR直接测序法与ARMS检测非小细胞肺癌EGFR基因突变
目的 比较PCR直接测序法与蝎形探针扩增阻滞突变系统(amplification refractory mutation system,ARMS)检测非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中EGFR基因突变的敏感性.方法 用直接测序发与ARMS法同时检测154例NSCLC中EGFR基因第18、19、20、21外显子的突变情况.结果 男性84例,女性70例,年龄33 ~ 86岁,手术切除标本71例、活检标本79例,其中鳞状细胞癌27例、腺癌121例、腺鳞癌2例;另4例为胸水.测序法32例突变(32/154,20.8%),ARMS法52例突变(53/154,33.8%).两种方法均检测到突变者29例,均无突变者99例,直接测序法检测到突变而ARMS法阴性者3例,反之23例,不一致率差异有显著性(P<0.000 1).结论 检测NSCLC中EGFR突变情况时,ARMS法较直接测序法操作步骤少,突变率高.宿杰阿克苏,侯英勇,刘亚岚,徐晨,张新,黄洁 - 临床与实验病理学杂志文章来源： 万方数据 -
应用特异性突变抗体检测人非小细胞肺癌组织中EG-FR突变
目的 探讨应用特异性表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)突变抗体结合免疫组化Labvision染色检测非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中EGFR突变的可行性,并与罗氏454下一代测序法比较其灵敏度和特异性.方法 随机选择68例NSCLC,通过特异性突变抗体结合免疫组化染色和罗氏454下一代测序系统检测EGFR的突变状态.结果 EGFR突变蛋白阳性定位于肿瘤细胞质和(或)胞膜.免疫组化检测显示NSCLC中EGFR突变阳性率为36.76%(25/68),其中鳞癌的突变率为9.52% (2/21),腺癌的突变率为48.94% (23/47),二者差异有显著性(P<0.05).罗氏454下一代测序法检测NSCLC中EGFR突变阳性率为39.71% (27/68),其中鳞癌的突变率为9.52% (2/21),腺癌的突变率为53.19% (25/47),二者差异有显著性(P<0.05).免疫组化染色与罗氏454下一代测序法检测EGFR突变具有极好的一致性(Kappa=0.876,P<0.001).结论 EGFR突变特异性抗体的免疫组化检测是一种可在NSCLC中进行EGFR突变筛查,并对表皮生长因子受体-酪氨酸激酶抑制剂治疗快速反应的方法,检测费用较低、耗时较短且结果易于判读,可以在临床进行广泛推广.EGFR突变在肺腺癌中更为常见.成志强,王晓玫,贺黎升,彭全洲,胡锦涛,唐娜,陈洪雷 - 临床与实验病理学杂志文章来源： 万方数据 -
追溯致死性前列腺癌的克隆起源
以往的研究认为,原发前列腺肿瘤具有多灶和多克隆异质性,但大多数来自同一患者不同部位远处转移肿瘤共享大部分遗传变异,提示致死性转移癌细胞为单克隆起源.然而,近期作者应用伞基因组测序和分子病理检测,分析1例死于转移性前列腺癌患者的致死细胞克隆起源却有了一些不同的发现.李慧明,余英豪 - 临床与实验病理学杂志文章来源： 万方数据 -
是高效率还是低成本?-华为追赶爱立信
在关于技术赶超的研究文献中,还没有以中国企业进行实证研究的.本文所研究的华为公司,从1988年创立到2009年的20年间,以持续高效率的R&D投入,取得了在核心技术领域专利数量、市场份额等全球领先,实现了技术赶超;为什么会取得这样的业绩?本文以爱立信作为华为技术追赶的标杆企业,运用道格拉斯模型计算2002-2009年间R&D投资对销售收入的产出弹性;同时,以描述统计方式,对华为与爱立信进行了R&D经费、人员投入和专利产出的趋势分析;分析结果表明,华为在持续高额R&D投入的同时取得了持续的高投入产出效率,其R&D投入产出弹性为0.85,远远高于爱立信(-1.0),表明华为的R&D投入产出效率远高于爱立信;但同时,随着爱立信的R&D人员数量的减少,华为的R&D人员数量却迅速增加,在人员数量与工作量的投入远高于爱立信,人均专利申请数量却只是爱立信的一半;通过对研究结果的理论分析后发现,华为实现技术赶超的主要原因在于持续稳定的R&D经费和高比重、低成本R&D人员投入,明确的技术战略和先进的技术管理,有效的专一化、低成本与差异化的策略组合,在行业环境变化、领先者发展趋缓的时候,实现了技术赶超.陈德智,刘辉 - 科学学研究文章来源： 万方数据
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