科创中国

GPU加速分子动力学模拟中的电荷分布计算

原文链接：万方

• 作者：

  张德好,刘青昆,宫利东

• 摘要：

  在集群与GPU组成的异构并行计算平台上,使用MPI+CUDA混合编程模型,实现基于ABEEMσπ模型的分子动力学模拟中电荷分布的计算.通过对电荷分布分布求解中的计算部分移植到GPU上进行,并针对算法中通信开销大和资源未充分利用的问题,通过异构平台的异步并发方法进行优化,提高了求解效率.性能测试结果表明,相比于单纯MPI并行算法,优化后GPU加速的异构并行算法,在化学大分子模型电荷分布计算上,有着明显的性能优势.

• 关键词：

  GPU通用计算 集群系统 分子动力学 电荷分布 ABEEMσπ模型

• 作者单位：

  辽宁师范大学计算机与信息技术学院

• 基金项目：

  国家自然科学基金项目(21133005,20703022)

• 来源期刊：

  计算机应用与软件

• 年，卷(期)：

  2012010