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基于密码子偏性的置换模型估计正向选择

原文链接：万方

• 作者：

  张丽丽,刘心声

• 摘要：

  由于遗传密码子的简并性特征,大多氨基酸由多于一种密码子编码.在蛋白质编码过程中,同义密码子间的使用有着较显著的偏差,即同义密码于使用频率不等.应用CUSP软件对数据集H3N2和MHC进行同义密码子使用偏性的分析,然后基于同义密码子的使用偏性建立新的密码子置换模型,并在此模型的基础上分析物种的正向选择性.分析结果表明新的密码子置换模型能更好地拟合数据,由此可得到更加可靠的参数估计值.

• 关键词：

  极大似然估计 密码子置换模型 密码子使用偏性 正向选择

• 作者单位：

  南京航空航天大学航空宇航学院理学院

• 基金项目：

  国家自然科学基金(61374183,10971097)

• 来源期刊：

  生物数学学报

• 年，卷(期)：

  2014002